W nieprzebytych kniejach Puszczy Piskiej chrześcijaństwo zapanowało w XIIIw., głównie za sprawą podbojów Zakonu Krzyżackiego.
Wkrótce po nadaniu praw bratnych, w roku 1367 zbudowano w Piszu kaplicę zamkową, a przed 1449r. Na jej miejscu stanął kościół pod wezwaniem Św. Jana Chrzciciela, posiadający już stałego duchownego.
Od 1491r. Istniał w Piszu Wikariat, zaopatrywany w ryby przez Wielkiego Mistrza zakonnego Hansa von Tiefena, oraz bractwo duchowe, które w 1513r. Oskarżyło jednego z konturów o zabieranie należnej im rocznie pół tony szczupaków.
Duchowni byli dotowani czterema włókami ziemi, a ilość jaką otrzymywali, wahała się w okolicach Pisza w zależności od parafii od 20 – 40 korców. Za czasów Krzyżackich parafia w Piszu należała do biskupstwa Warmii i dziekanatu w Reszlu.
Zaledwie kilka lat po publicznym wystąpieniu ks. dr Marcina Lutra w Wittenberdze, idee reformatora dotarły na ziemię mazurską. Zaczęto wygłaszać kazania w duchu ewangelickim, organizowano ewangelickie nabożeństwa.
Po sekularyzacji Prus w 1525r. i oficjalnym wprowadzeniu luteranizmu jako religii panującej, kościół w Piszu stał się świątynią ewangelicką, ale jeszcze przez pewien czas grupa katolików mogła z niego korzystać.
Pierwsi duchowni ewangeliccy pojawili się w Piszu ok. 1530r. Dwa lata wcześniej ksiązę Albrecht von Hohenzollern przyłączył parafie Pisza i okolicznych miejscowości do biskupstwa Pomezanii.
Wizytacja parafii piskiej przeprowadzona przez księcia i biskupów w latach 1542 – 43, wykazała poważne braki w życiu duchownych. Pod groźbą więc kar cielesnych i pieniężnych wprowadzono między innymi obowiązek uczestnictwach w nabożeństwach. Poczyniono też starania w celu wzmocnienia kadry duchownych.
W 1547r. Proboszczem w Piszu został profesor Uniwersytetu Jagielońskiego Marcin Glossa, który założył tu polską szkołę. W 1567. parafia piska przeszła pod jurysdykcję konsystorza Pomezanii i superintendenta w Ełku.
Od połowy XVI wieku utworzono w Piszu drugą posadę dla duchownego. W pierwszych wiekach swego istnienia parafia w Piszu musiała pokonywać nie tylko trudności wewnętrzne, lecz także walkę o czystość wiary przeciwstawiając się wpływom anababtyzmu i kalwinizmu, a od połowy XVIIw. Arianizmu.
W Piszu działało wielu wybitnych ewangelików, z których można wymienić miedzi innymi Jana Gretiusa (1598 – 1668), rektora szkoły polskiej, jednego ze współautorów kancjonału mazurskiego.
Pod koniec 1694r. Kościół w Piszu doszczętnie spłonął.
W roku następnym odlano duży dzwon, powstały z trzech mniejszych, stopionych podczas pożaru. W dwa lata po pożarze odbudowano kościół, a w następnych dziesięcioleciach dobudowano dzwonnice (1737 – 1739) i umieszczono na niej zegar (1748).
W początkach XVIIIw. rośnie ranga duchownego w Piszu. Utworzono tu najpierw Urząd Główny, a następnie inspektorat z tytułem superintendenta (1715), na uwagę w tym okresie zasługuje ks. Wilhelm Tyszko (1710 – 1725), autor wydanej w Królewcu w 1719r. Postylli oraz współautor polskiego kancjonału wydanego w Gdańsku w 1738r.
W roku 1751 parafia Pisz została połączona z biskupstwem Samlandii i siedzibą konsystorza w Królewcu.
W XVIIIw. w dni świąteczne i niedzielne odbywało się po kilka nabożeństw ze spowiedzią i Komunią Świętą w języku polskim i niemieckim z wyraźną przewagą języka polskiego. Istotną rolę w nabożeństwach odgrywało kazanie. Nabożeństwa tygodniowe odprawiano w Piszu w poniedziałki i piątki w języku polskim. Nauka katechizmu Marcina Lutra odbywała się w niedzielne przedpołudnie również w języku polskim. Śpiewano wiele pieśni.
W XVII i XVIII wieku większość duchownych, jak i parafian posługiwała się jezykiem polskim.
W wieku XIX dała się wyraźnie zauważyć tendencja władz kościelnych do ograniczenia języka polskiego w nabożeństwach i katechizacji.
W 1810r. Urodził się w Piszu, jako syn kierownika szkoły Gustaw Gizewiusz, późniejszy ksiądz ewangelicki w Ostródzie. Znany obrońca polskości mazur, od imienia którego wzieło swoją nazwę Giżycko.
Natomiast dwaj inni duchowni urzędujący w Piszu, Gotfryd Schulz (1838 – 1867), a zwłaszcza drugi z nich – Paul Hensel (1907 – 1929) działali na polu germanizacji Mazurów.
W 1817 roku wprowadona zostaje tzw. Unia Wschodniopruska z Kościołem ewangelicko – reformowanym, co wiązało się ze zmiana formy nabożeństw.
W 1830 zamknięto kościół w Piszu ze względu na zły stan techniczny i niebezpiecństwo zawalenia. Nabożeństwa przeniesiono czasowo do pobliskiej Turośli.
Budynek kościelny w Piszu rozebrano i 1843r. wzniesiono nowy, zachowując stare wyposażenie wnętrza.
Pod koniec XIXw. W wyniku reorganizacji powstało w okolicy Pisza kilka wiejskich Parafii. W 1895r. Utworzono w parafii piskiej etat trzeciego duchownego zajmowany w latach 1895 – 1911 przez wikariuszy jako kaznodzei pomocniczych.
W roku 1933 kościół został po raz ostatni gruntownie odnowiony przez ewangelików za sumę 33 000 marek, a zaraz po wojnie zajęty przez ludność napływową. Ewangelicy zmuszeni byli odprawiać nabożeństwa w lokalach zastępczych, jak sala ratusza, szkoły nr 1, wreszcie w obecnym budynku plebani przy placu Daszyńskiego 12A.
Tragedia ewakuacji ludności przed nadchodzącym frontem, zawierucha wojenna i równie tragiczne czasy powojenne mocno przetrzebiły ludność ewangelicką w Piszu.
W 1947r. Konsystorz Kościoła Ewangelicko – Augsburskiego w Warszawie mianował, w nowo utworzonej Diecezji Mazurskiej pierwszego powojennego duchownego w Piszu na stanowisko administratora.
Z powodu nie sprzyjającego klimatu społeczno – politycznego, a potem także gospodarczego, liczba ludności ewangelickiej w Piszu stale malała. Najwięcej wyjazdów spowodowanych było tak zwaną akcją łączenia rodzin: na przykład w 1973r. Wyjechało z parafiipiskiej do RFN 620 parafian, a w 4 lata później jej proboszcz. Po wojnie w parafii Pisz służyło kolejno pięciu księży.
W roku 1978 duchownym Parafii Ewangelicko – Augsburskiej został ks. Krzysztof Rej, długoletni proboszcz tejże parafii (24 lata), a zarazem doktor teologii. Rozpoczął budowę Domu Spotkań przy parafii w Piszu przy pomocy klubu Rotary z Hamburga.
Po przeniesieniu ks. dra Reja do Kalisza proboszczem na trzy lata został powołany ks. Paweł Szwedo. ks. Szwedo po wygraniu wyborów w Kluczborku (opolszczyzna) opuścił piską parafię.
Od 2007 roku parafia ewangelicka w Piszu została powierzona opiece duszpasterskiej kapelanowi Straży Granicznej, ks. Marcinowi Pysz. Na przełomie 2008/2009 przeprowadzono generalny remont domu parafialnego i kaplicy w Piszu oraz dokończno budowę Domu Spotkań. W ramach remontu wykonano: ocieplenie budynku, podłączenie do grzewczej sieci miejskiej, wymieniono instalacje we wnętrzu budynku, odbudowano na nowo ściany w budynku oraz zaadaptowano poddasze na cele mieszkania służbowego proboszcza parafii.
07 marca 2009 r. miało miejsce uroczyste otwarcie Środowiskowego Domu Samopomocy Parafii Ewangelicko – Augsburskiej w Piszu. ŚDS mieści się w domu parafialnym.
W lipcu 2009 roku ks. bp Rudolf Bażanowski poświęcił nowy ołtarz, krzyż oraz mównicę w kaplicy ewangelickiej w Piszu. Rok później zamontowano nowe nagłośnienie w kaplicy.
Również w 2009 roku została powołana Stacja Diakonijna w Piszu, która od 2011 roku nosi nazwę Diakonii Piskiej. W ramach Diakonii Piskiej jest realizowanych wiele programów i projektów pomocowych dla osób potrzebujących.
W roku 2010 zaadaptowano ganek na tyłach plebanii na potrzeby parafii.
W 2010 roku powstał miesięcznik „Piski Ewangelik” który wychodzi w każdą pierwszą niedzielę miesiąca. Zawiera ważne informacje parafialne, rozważania oraz różne artykóły i felietony. W tym roku przy piskiej parafii zostało powołane Ewangelickie Stowarzyszenie Betel, które ma na celu pomoc osobom w trudnej sytuacji.
W latach 2010/2011 w parafii ewangelickiej pracował pan Mateusz Chmiel magister teologii ewangelickiej. Prowadził lekcje religii, koordynował Diakonię Piską, redagował miesięcznik „Piski Ewangelik” oraz odprawiał nabożeństwa.
W listopadzie 2011 roku wybrano nową Radę Parafialnę. W niedzielę 08 stycznia 2012 r. Biskup Diecezji Mazurskiej ks. bp Rudolf Bażanowski dokonał wprowadzenia nowej Rady Parafialnej w Piszu. Kuratorem została pani Ewa Olchowa, która zastąpiła na tym stanowisku pana Bernarda Kapteina.
19.08.2012 r. Wyborcze Zgromadzenie Parafialne w Piszu wybrało proboszcza parafii, został nim dotychczasowy administrator parafii ks. por SG Marcin Pysz. Wprowadzenie proboszcza odbyło się w dniu 07.10.2012 r. podczas uroczystego nabożeństwa w Święto Parafialne. Wprowadzenia dokonał ks. bp Rudolf Bażanowski, asystentami byli: ks. Witold Twardzik z Pasymia oraz ks. Sebastian Kozieł z Cieplic.
W latach 2012/2013 pan Adrian Lazar pełnił praktykę kandydacką do stanu duchownego. Pan Adrian zajmował się nauczaniem lekcji religii, służył liturgicznie, pomagał w Diakonii Piskiej, Wypożyczalni Sprzętu Rehabilitacyjnego, w ŚDS w Piszu. Pan Adrian został ordynowany na księdza Kościoła Ewangelicko – Augsburskiego w RP 13.12.2014 r. w Skoczowie, asystentem był ks. Marcin Pysz proboszcz piskiej parafii.
Od maja 2013 r. do sierpnia 2015 praktykę w parafii w Piszu odbywała p. Marta Zachraj, która zajmowała się nauczaniem lekcji religii, pomocą w Diakonii Piskiej oraz ŚDS w Piszu. Od września 2015 r. do stycznia 2018 r. w piskiej parafii ewangelickiej praktykę odbywał p. Bogusław Sebesta z Katowic. Kolejnym praktykantem piskiej parafii od lutego 2018 r. został p. Piotr Uciński z Zielonej Góry. Pan Piotr Uciński w styczniu 2019 r. został ordynowany na Księdza w Kościele Ewangelicko – Augsburskim w RP oraz skierowany na stanowisko wikariusza PEA w Piszu. Tym faktem stał się pierwszym powojennym wikariuszem piskiej parafii ewangelickiej, pierwszy raz również parafii w Piszu ma dwóch duchownych.
W 2014 r. przy budynku parafii w Piszu wybudowano windę dla osób starszych oraz niepełnosprawnych. Winda będzie służyła uczestnikom terapii w ŚDS w Piszu. W 2016 r. rozbudowano budynki parafialne poprzez połączenie budynków. W nowej części powstała nowa sala terapeutyczna, dalsze prace kontynuowane były w 2017 r. Przebudowano łazienki w domu spotkań oraz zaadaptowano garaż na cele terapeutyczne. W 2018 r. dzięki staraniom Ewangelickiego Stowarzyszenia Betel miał miejsce generalny remont i przebudowa budynków parafii w Piszu na cele diakonijne.
W dniu 24 maja 2019 r. miało miejsce uroczyste poświęcenie rozbudowanego domu parafialnego w Piszu na cele diakonijne, czyli prowadzenie Środowiskowego Domu Samopomocy w Piszu. Poświęcenia dokonał Biskup Kościoła Ewangelicko – Augsburskiego w RP ks. bp Jerzy Samiec. W uroczystości uczestniczyli również: Zwierzchnik Diecezji Mazurskiej ks. bp Paweł Hause, Dyrektor Diakonii Mazurskiej ks. Roland Zagóra oraz ks. Dawid Banach (Suwałki) i ks. Adrian Lazar (Szczytno).
W dniu 30 czerwca 2019 r. służbę w Parafii Ewangelicko – Augsburskiej w Piszu zakończył wikariusz ks. Piotr Uciński, który został uroczyście pożegnany przez proboszcza ks. Marcina Pysza oraz Radę Parafialną.
Od 01 września 2019 r. w piskiej parafii rozpoczął praktykę kandydacką do stanu duchownego pan mgr teol. Bartłomiej Polok z Bażanowic na Śląsku Cieszyńskim, którego głównymi obowiązkami jest nauczanie dzieci i młodzieży lekcji religii ewangelickiej, pomoc w prowadzeniu nabożeństw na terenie PEA w Piszu, z głównym naciskiem na filiał w Ełku. Bartłomiej Polok został ordynowany na księdza Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w 03.2021 r. asystentem ordynacji byli: ks. mjr SG Marcin Pysz oraz ks. Dariusz Madzia. W sierpniu 2021 r. ks. B. Polok zakończył służbę w piskiej parafii i został przeniesiony do parafii w Mrągowie.
Lata 2020 – 2021 były wyjątkowo trudne dla Świata oraz dla piskiej parafii z powodu panującej pandemii Covid-19. Wielu naszych parafian oraz proboszcz naszej parafii zachorowali na wirusa. Dzięki opiece Bożej nie odnotowaliśmy w naszej parafii wielu zgonów spowodowanych panującą pandemią. Musieliśmy dostosować się do aktualnie panującej sytuacji. W ciągu tego okresu decyzją Rady Parafialnej zawieszaliśmy co jakiś czas nabożeństwa, wprowadziliśmy wiele rozwiązań zabezpieczających naszych parafian. Parafia powołała opiekunkę osób zależnych (p. Elżbieta Gabryś), która regularnie utrzymywała kontakt z wszystkimi członkami parafii. Od Wielkiego Czwartku 2021 rozpoczęliśmy emisję naszych nabożeństw z kaplicy w Piszu w internecie za pośrednictwem parafialnego kanału YouTube. Co miesiąc wysyłaliśmy 80 szt Piskiego Ewangelika do naszych parafian, aby jak najmocniej to możliwe uprościć im dostęp do Słowa Bożego oraz informacji parafialnych.
W 2021 r. dzięki pomocy Martin-Luther-Bund, Gemainschaft evangelisches Ostpreussen oraz Ewangelickiego Stowarzyszenia Betel udało nam się kupić zupełnie nowy instrument organowy do piskiej kaplicy. Kupiliśmy organy elektroniczne, dwu manuałowe Johannus Studio 150.
W 2022 r. wróciliśmy (z przerwami) do „normalnego” życia liturgicznego. Przywrócono nabożeństwa w Piszu i Ełku. Mimo wszytko pozostały nabożeństwa na kanale YouTube, jako nowe narzędzie dotarcia do naszych parafian oraz jako działanie misyjne naszej parafii. Wielu parafian po czasie pandemicznym nadal uczęszcza jedynie do kościoła ewangelickiego w Wejsunach.
Wyjątkową radość budzą szkółki niedzielne prowadzone przez pastorową Liliannę Pysz w Wejsunach. Stała grupa dzieci stała się również „siłą” inicjującą nabożeństwa rodzinne z inną liturgią, które znakomicie odnalazły się w życiu parafialnym. Parafia również organizuje spotkania dla dzieci w ramach spotkań świątecznych oraz wycieczki dla dzieci i parafian. Pastorowa Lilianna Pysz ukończyła w 2023 r. studia podyplomowe z zakresy teologii ewangelickiej oraz studia pedagogiczne w celu prowadzenia lekcji religii dla dzieci i młodzieży naszej parafii. Jest to wyjątkowa pomoc w codziennym funkcjonowaniu piskiej parafii ewangelickiej.
W 2022 r. utworzono Muzeum Miniatur i Tradycji Ewangelickiej w kościele w Wejsunach. Muzeum zostało zarejestrowane w katalogu Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Od maja 2023 r. jest otwarta wystawa stała muzeum.